色々romいじりをしていますが各々kernelがちがうので
CWMからリカバリーする時は、kernel.elfだけCWMからインストールなのですね。
例えば、TX_9.2.A.1.205なら
cwm_prerooted_TX_9.2.A.1.205.zip内の「system.ext4」を削除、
prerooted_TX_9.2.A.1.205.zip\META-INF\com\google\android\updater-script
を少し削除してあげればできるのですね～今更でしょうが（笑）

ui_print("Update start.");
ui_print(" ");
show_progress(1, 60);

unmount("/system");

ui_print("Update kernel...");
ui_print(" ");
package_extract_file("kernel.elf", "/dev/block/platform/msm_sdcc.1/by-name/Kernel");
set_progress(0.1);

unmount("/system");

set_progress(1);
ui_print("Update finished.")

詳細は別として…ただ削除しただけです。これで良いみたいですね。