結局、SDカード不良が原因で、色々と工程に影響がでていたようですのではじめからやり直しました。ThRayICS_v4.0のインストール迄。

・microsdを新調したので再構成（transcend micro sdhc 32gb class10）
・USB2.0での再調整（前回usb3.0にてうまく行かず）
・titanium backupしておく

今回はICSからの仕切り直し+flashtool-0.9.9.0-windowsへ
ST18i_4.1.A.0.562.zipからST18i_4.1.A.0.562.ftfをFlashTool/firmwareフォルダへ
FlashTool完了後、DooMLoRD_v1_Xperia-2011-ICS-ROOT-emu-busybox-su.zipにてROOT化。
（arkdroidさん参照しています）

 あらかじめDLしておいた、RayICS_4.1.B.0.587_root+CWM.rarを解凍後、できたフォルダーを
/sdcard/clockworkmod/backup/ にいれとく。
X-Parts(CWMオートインストーラ)DLして、インストールしておく。
（ガジェットLife.さん参照しています）

ST18a_4.1.B.0.587+docomo.ftfをDLしてflashtoolのfirmwareフォルダにいれとく。
cwmリストアする。バッテリーを外してまつ。
flashtoolでST18a_4.1.B.0.587+docomo.ftfを焼く。
ThRayICS_v4.0.zipをSDにいれとく。
cwmよりwipe data/factory resetする。ThRayICS_v4.0.zipインストールして再起動。
ThRay_ICS_kernel_v3.imgDLしておく。
電源を切って、ボリュームアップボタンを押しながら、PCと接続するとfastbootモード（LED青）
コマンドプロンプト
fastboot devices
fastboot flash boot ThRay_ICS_kernel_v3.img
にてあっさりと完了しました。

※POBox 5.3も、無事（笑）cwmよりインストールできました～(^^;;;
※walkmanのみ、やはりエラーになるので、代替.apkにて対応です。

これまでの無駄な時間がなんだったのか…m(_ _)m